Jednak z naszej wiedzy wynika, że wariant włączenia PLK do PKP SA jest obecnie najbardziej prawdopodobny. Do jego zastosowania skłaniają ministerstwo kłopoty, jakie pojawiły się przy przenoszeniu do PKP PLK majątku niezbędnego do prowadzenia samodzielnej działalności.

Na czym polega problem? W 2001 r., gdy przedsiębiorstwo państwowe PKP podzielono na holding, do PLK trafiło 19 tys. km linii kolejowych, na których spółka zarządza ruchem. Jednak grunty, na których są one położone, oraz budynki potrzebne do utrzymywania działalności przewozowej pozostały w większości w spółce matce, czyli PKP SA. W rezultacie niezależność PLK była pozorna, bo spółka w praktyce nie dysponowała majątkiem, potrzebnym np. jako zabezpieczenie kredytu.